Organon § 11: ”Als de mens ziek wordt, is in het begin alleen deze zelf werkzame levenskracht (het levensbeginsel), die overal in zijn organisme aanwezig is, 'ontstemd' door de tegen het leven gerichte dynamische invloed van een ziekmakend agens. Alleen een levensbeginsel, dat tot zo'n wanklank verworden is, kan het organisme die nare gewaarwordingen bezorgen en het zo abnormaal laten functioneren, dat we het ziek noemen. Want deze kracht die op zichzelf onzichtbaar is en alleen te merken door haar inwerking op het organisme, geeft slechts kennis van haar ziekelijk ontstemd zijn, doordat het organisme in voelen en handelen ziek blijkt (dat is de enige kant, die voor de zintuiglijke waarneming van de geneeskundige open ligt). Dat wil zeggen: het ziekzijn maakt zich kenbaar door ziektesymptomen en door niets anders.”

Bij absolute gezondheid zou er geen susceptibiliteit voor ziekte bestaan, omdat er dan altijd een volmaakt evenwicht met de omgeving is.
Omdat absolute gezondheid in dit (fysieke) bestaan onder de gegeven omstandigheden niet mogelijk is, is er altijd sprake van een niet volmaakte gezondheidstoestand.
Het organisme is dus altijd in min of meerdere mate chronisch ziek.

Er zijn predisposities aanwezig binnen de constitutie. Deze kunnen beschouwd worden als constitutionele ziekten of de collectieve morfologische, fysiologische en psychologische kwaliteiten die een mens karakteriseren.
Deze invloeden vormen het zogenaamde 'gezonde' constitutionele basistype, de (onvolmaakte) eigenschappen (structuur, temperament, karakter etc.) die de 'natuurlijke individuele gesteldheid' bepalen.
Deze preëxistente verstoringen vertegenwoordigen in hun totaliteit een algemene verzwakking ten opzichte van een absolute gezondheidstoestand. 
Deze zijnswijze blijft bijna altijd onbewust en is min of meer gezond en vormt tevens de diepste constitutionele predispositie voor het ontwikkelen van ziekte.
Door het bestaan van deze susceptibiliteit gaat de levenskracht als er bepaalde veranderingen van de omgeving optreden, op deze 'prikkels' in en kan daardoor eventueel. verstoord raken.
Dit is dus uiteindelijk de meest fundamentele oorzaak van ziekte.

Wanneer er een te sterke of langdurige aanleiding/stressfactor optreedt, die de tolerantie van het individu te boven gaat kan een predispositie geactiveerd worden.
Na activering bestaat er een abnormale susceptibiliteit; Dit is de dynamische verdedigingshouding op een specifieke bedreigende situatie en overgevoeligheid voor deze belasting door de hiermee gepaard gaande verzwakking van de levenskracht.

Organon § 63: ”Iedere kracht die op het leven inwerkt, ieder geneesmiddel verandert min of meer de 'stemming' van de levenskracht en veroorzaakt voor kortere of langere tijd bij de mens een bepaalde verandering in zijn welbevinden: de zogenaamde primaire werking. Hoewel deze door geneesmiddelkracht en levenskracht gezamenlijk geproduceerd wordt, hoort ze toch meer bij het inwerkende agens. Onze levenskracht reageert met haar energie op deze inwerking. Deze reactie hoort bij de kracht die ons leven in stand houdt en gaat automatisch in zijn werk: de zogenaamde secundaire- of tegenwerking.

Deze primaire reactie blijft bestaan ook als de oorspronkelijke bedreigende situatie niet meer aanwezig is, doordat de predispositie geactiveerd is.
Het organisme reageert vanuit deze primaire verstoring altijd als geheel op individuele kenmerkende wijze. Dit is dus een gesteldheid of kenmerkende psycho-biologische houding waar vanuit nu gereageerd moet worden.
Het bestaan van een 'gesteldheid' is overigens op zich geen ziekte, bij gezondheid bestaat deze als het natuurlijke unieke individuele reactiepatroon, welke nauwelijks opvalt.

Organon § 8 voetnoot 1: ”...een dynamisch door de ziekelijk ontstemde levenskracht veranderde zijnswijze van het organisme,... een gealtereerde conditie.

Organon § 19: ”Omdat ziekten dus alleen maar veranderingen in het welbevinden van de gezonde mens zijn, die zich door ziekteverschijnselen manifesteren en genezing ook alleen maar mogelijk is doordat die ziektetoestand weer in gezondheid wordt omgezet, kan men gemakkelijk inzien, dat de geneesmiddelen op geen enkele manier ziekten zouden kunnen genezen, als ze niet het vermogen hadden de menselijke gesteldheid in haar gevoelens en functies te veranderen. Het is zelfs alleen dit vermogen, de conditie van de mens om te zetten, waarop hun geneeskrachten berusten.”

Deze individuele expressie van het organisme zorgt door de confrontatie met de omstandigheden voor een (beperkte) verwerking in het bewustzijnsniveau.
De secundaire reactie van het organisme ontstaat wanneer er geen evenwicht met de omgeving vanuit deze onnatuurlijke gesteldheid kan bestaan. Deze situatie betekent een verdere belastende invloed voor het organisme. De 'stress' van deze belasting moet nu onverwerkt in het onderbewustzijn worden opgeslagen, een individuele suppressie.

De eerste symptomen van deze ziekte-gesteldheid betreffen hoofdzakelijk het 'algemene niveau'. Deze Centrale Verstoring/pathologie bestaat uit de functionele verstoring van het PNEI-systeem, door de directe dynamische werking van de levenskracht.

Als dit bovengenoemde ontoereikend is zal zo perifeer mogelijk, om het verdedigingsmechanisme centraal te ontlasten, op 'lokaal fysiek niveau', mede ook naar aanleg, organisch/structurele pathologie toegestaan of in het leven moeten worden geroepen; de Perifere Verstoring.
Het zijn dus de meer karakteristieke symptomen van de totale pathologie, die de Centrale Verstoring vertegenwoordigen, welke van belang is om het benodigde middel te bepalen.

Pathologie is het gevolg van een blijvende reactie binnen het organisme op de oorspronkelijke belastende invloed.
De pathologie vordert naarmate de levenskracht verder verstoord raakt. Deze geïntensiveerde uitingen dienen om zich van de overgevoeligheid van het afweermechanisme te ontdoen en ter afscherming van deze zwakte in het afweermechanisme.
Het organisme zal er altijd naar streven om deze symptomen op een zo min mogelijk bedreigende perifere positie te houden.

Ziekte is op te vatten als een archetypische verstoring van de levenskracht, een Centrale waan waarbij men reageert met een overgevoeligheid, dus niet proportioneel op omstandigheden, maar alsof men zich nu nog in de oorspronkelijke bedreigende situatie van het verleden bevindt.
Ziekte ontstaat door ontkenning, ontwijking en onderdrukking van (onbewuste) negatieve aspecten.
Het juiste homeopathische geneesmiddel bewerkstelligt een bewustwording door de confrontatie met het gelijkende, waardoor weer proportioneel op de omgeving gereageerd kan worden (expressie).
Doordat de verdrongen aspecten erkend worden verdwijnt de waantoestand. Er wordt hierdoor een toestand van welbevinden bereikt, waarbij de gezondheid, dus de normale susceptibiliteit hersteld is.