Dr.H.Reckeweg heeft een gedegen wetenschappelijk model van ziektegenese opgezet ter ondersteuning van de Klassieke Homeopathie.
Homotoxicologie komt voort uit het fundamentele feit dat alle vitale processen betrokken zijn bij de omvorming van chemisch werkzame stoffen. In geval van ziekte zijn deze chemische substanties de toxische stoffen van de ziekte.
Reckeweg gebruikte de term ‘homotoxine’ in de zin van: ‘menselijk toxine’, dit zijn substanties die giftig zijn voor de mens en die niet snel genoeg afgebroken kunnen worden om onschadelijk te blijven.
Reckeweg ziet ziekte als een agens gerelateerd reactieproces, waar homotoxinen (gifstoffen) bepaalde symptomen kunnen oproepen, zoals bijvoorbeeld ontstekingen.

In de homotoxineleer is ziekte enerzijds te beschouwen als de uitdrukking van een biologisch-doelmatig afweerproces van het lichaam tegen exogene en endogene homotoxines en anderzijds als een poging van het organisme om de reeds opgelopen homotoxinevergiftiging door compensatie te herstellen.
De ‘ziekte’ kan dus van tweeërlei oorsprong zijn: of is het de reactie van het lichaam (in het humorale stadium, in de uitscheidings-, reactie- en neerslagfase) op lichaamseigen- of vreemde homotoxine, of het is om de een of andere reden, de schade door de homotoxine reeds aangebracht en zal het organisme nog reageren in zijn cellulair stadium (impregnatie-, degeneratie- neoplasmefase).

Reckeweg zijn homotoxicologie is gebaseerd op een dynamisch concept van ziekte. Ziekten zijn processen, klinische beelden en syndroommanifestaties, die er op duiden dat het lichaam vecht met toxinen en poogt zich hiervan te ontdoen. Iedere pathologische toestand is dus slechts een ontgiftigingsreactie van het organisme (op humoraal of cellulair vlak), dat hierdoor probeert zich te verweren tegen een homotoxineaanval, of een reeds aangerichte homotoxineschade te herstellen.

De afweerstrijd dat het lichaam tegen de homotoxine levert en de poging om een reeds ondergane homotoxinebeschadinging ongedaan te maken, speelt zich op verschillende achtereenvolgende niveaus af. Recheweg beschrijft zes pathologische ‘homotoxicose’-verdedigingsfasen, waarbij exo- en endogene toxinen in steeds ernstigere mate het organisme belasten.

Het organisme streeft er naar zich door middel van (1) excretie of (2) reactie (ontsteking) van toxinen te ontdoen of deze extracellulair op te slaan; (3) depositie.
Het lichaam zal dus in eerste instantie de homotoxineaanval langs de normale fysiologische uitvalswegen uitscheiden (1. excretie of uitscheidingsfase).  Het lichaam kan ook - als het moet - homotoxines op een verhoogde pathologische wijze uitschakelen, zoals bijvoorbeeld door etter (2. reactiefase) of de homotoxine laten bezinken (3. depositie of neerslagfase). 
In de eerste drie fasen is het lichaam erin geslaagd de schade beperkt te houden tot het humorale stadium en heeft  de cellen en organen voor homotoxineschade weten te behoeden. Deze drie fasen noemde Reckeweg humoraal. Ze zijn nog omkeerbaar want de organen of cellen worden niet beschadigd.

Is dit onvoldoende voor de verwerking van de toxische belasting, dan wordt de ‘biologische scheidingslijn’ overschreden en worden de toxinen een intracellulaire belasting,  (4) impregnatie. De laatste twee fasen  zijn uiteindelijk: (5) degeneratie- en (6) neoplasma (carcinogene processen).
Deze drie cellulaire fasen zijn niet omkeerbaar, althans niet spontaan en vereisen een intensieve biologische behandeling.

Bij inwerking van zeer virulente homotoxines (carcinotoxines), of  door onderdrukking van de voorgaande drie humorale fasen, zullen de homotoxines de intracellulaire structuren aangrijpen en beschadigen.
Dit geldt des te meer wanneer de onderdrukking van de humorale afweer gebeurd is door middel van toxische chemotherapeutica, die rechtstreeks de cellen en organen beschadigen (dus niet alleen via onderdrukking).

De (4. impregnatiefase) is dan de eerste van het cellulaire stadium en bestaat uit het binnendringen van homotoxine in de celstructuren. Een verdere vergiftigingsfase is de (5. degeneratieve fase): de celstructuren (genen) worden er aangegrepen en verstoord. De uiteindelijke vergiftigingsfase is de (6. neoplasmafase of kankerfase).

In deze ultieme fase wordt de reversibiliteit langzamerhand ongedaan gemaakt en de voorgaande fasen houden op zich in enige vorm te manifesteren. In de neoplasmafase nestelt de homotoxine zich definitief. Het is ook om deze reden dat vele mensen waarbij zich kanker manifesteert - d.i. wanneer de homotoxine in deze zesde fase ongestraft en ongestoord zijn gang heeft kunnen gaan, dikwijls beweren 'nooit tevoren ziek te zijn geweest'. De ziekten - de eigenlijke fysiologische uitscheidings- en uitstotingsprocessen - werden bij deze mensen immers 'genezen' (lees: onderdrukt) waardoor ze uiteindelijk in de neoplasmafase belandden.

In de fasen 4 t/m 6 ondergaat het lichaam het vergiftigingsproces. Niettemin verweert het organisme zich nog in deze fasen en probeert het de leefbaarheid zo lang en zo goed mogelijk te vrijwaren. Zo zal het lichaam nieuwe afvoerwegen creëren om zich nog van de homotoxines te ontdoen. Zulke geïmproviseerde uitvalswegen zijn bijvoorbeeld fistelvorming.

Elkaar opvolgende ziekte(fasen) zijn dikwijls niets anders dan de achtereenvolgende onderdrukking van één en hetzelfde lichaamseigen afweerproces tegen homotoxines, waarbij de onderdrukte homotoxine zijn geluk zoekt in een verdere fase van het humorale naar het cellulaire. Een onderdrukkende behandeling leidt tot een gevaarlijke bevordering in de richting van de cellulaire fasen. Reckeweg noemt dit: progressieve vicariatie. Bij deze overgang gaat ook wat wij als ziekte waarnemen, in een klinisch volledig andere ziekte over. De klassieke voorbeelden van de door de huidspecialiste 'genezen' huidaandoening, dat jaren later als maagzweer of longaandoening opnieuw opkomt zijn overbekend.

Een biologische behandeling uitgaande van de homeopathische principes leidt tot een verschuiving naar de ontgiftende humorale fasen en wordt regressieve vicariatie genoemd.
Deze is biologisch en prognostisch gunstig en gaat steeds gepaard gaat met een heropleven van het afweer- en ontgiftigingsmechanisme en met de lichaamseigen middelpuntvliedende afscheidingsvermogen. Op deze terugweg, zullen dikwijls vroegere ziektebeelden optreden, hetgeen een gunstige mijlpaal betekent op weg naar de genezing.

Reckeweg ziet de reactie van het organisme als een systeem van ‘grotere afweer’. Dit grotere afweersysteem bestaat uit vijf subsystemen die onderling met elkaar verbonden zijn en welke de toxinen zonder schade verwerken bij hun verdedigingsinspanning.
Deze subsystemen omvatten het volgende:
1. De productie van antilichamen;
2. Afweer door de inzet van bepaalde hormonen;
3. Toxineafweer door het zenuwstelsel;
4. Ontgifting via de lever;
5. Ongifting via de bindweefsels.

De bindweefsels vertegenwoordigen een uitgebreid opname- en drainagesysteem, welke de afvalstoffen die van de cellen komen, opneemt of ze afvoert via de lymfe.
De drie (humorale) fasen zijn overwegend uitscheidingssporen die parallel met de cellulaire fasen verlopen. Door de giftuitscheiding door de humorale fasen, zullen de cellulaire fasen gespaard blijven van de homotoxinen.

Ook al is dit model een meer materiële opvatting van ziekte, toch zijn er parallellen met de miasmaleer. De excretiefase waarbij het tot een uitscheiding naar de huid of slijmvliezen komt, kan men de Psorafase noemen.
De impregnatie-depositie fase waar de afvalstoffen in de sub-oppervlakkige lagen terechtkomen, de in hiërarchie gezien minder belangrijke weefsels zoals bindweefsel, pezen, spieren en gewrichten, heeft een relatie met Sycose.
In de degeneratie-neoplasma fase raken ook de hiërarchisch belangrijker weefsels en organen geïmpregneerd met afvalstoffen waardoor degeneratie en ontaarding optreedt, heeft een relatie met het Syfilische miasma.

De excretiefase correspondeert met het Acute miasma,
De Reactiefase met Psora,
De Depositiefase met Sycosis,
Impregnatiefase met Sycosis/ Tuberculosis,
De Degeneratiefase met Syfilis
De Neoplasmafase met Carcinosis/ Aids.

Bij een ziekteproces in de Excretiefase of in de Neoplasmafase, welke een vergelijkbare ziektedynamiek als een Acute ziekte hebben, kan een intensieve herhaling (Methode A.U. Ramakrishnan) noodzakelijk zijn.
Ook Hahnemann had ervaring met dit fenomeen:

Organon § 282 voetnoot 1: ”Op de regel, dat men bij de homeopathische behandeling van de chronische ziekten met de kleinst mogelijke doses moet beginnen en ze pas heel geleidelijk moet verhogen, bestaat een opmerkelijke uitzondering in de behandeling van de drie grote miasmata, zolang ze zich nog op de huid manifesteren, d.w.z. bij de recent uitgebroken schurft, de onbehandelde sjanker en condylomata.

Verder sluit de beschrijving van Reckeweg goed aan bij de Regels van Hering en de visie van Sehgal, hoe ziekte tot stand komt en genezing moet plaatsvinden.
Het ‘Centre of Present, Predominating and Persisting symptoms', (Mentals & Mental expressions), wordt volgens Sehgal vertegenwoordigd door algemene en meest gewone uitingen die verbonden zijn met het onderliggende oorzakelijke type toxine, dat verantwoordelijk is voor het creëren van deze onnatuurlijk toestand in het lichaam.